1982年1月22日，时任中共中央总书记胡耀邦同志致信当时的江西省委领导，对赣南大力发展脐橙生产进行了指示，使赣南人民走上了“在山上再造一个赣南”的脱贫致富之路。2006年，依托赣南师范大学、赣州市果业局、赣州市柑橘研究所组建了赣南脐橙工程技术研究中心，2008年获批江西省脐橙工程技术研究中心，2013年4月经科技部批准同意立项组建国家脐橙工程技术研究中心；2017年11月以优秀成绩通过科技部验收。2021年中心获评人力资源社会保障部、科技部第六届全国杰出专业技术人才先进集体。

目前，“中心”涵盖了育种与栽培技术、病虫害防控技术、商品化处理技术与装备研发、贮藏保鲜与资源综合利用、电子商务与信息化技术等五个研究领域。现有固定人员86人，其中具有高级职称的人员54人，博士学位67人；国家高层次人才2人，国家先进工作者1人，享受国务院特殊津贴2人，全国优秀教师1人，教育优秀人才支持计划人员2人，江西省井冈学者特聘教授1名，江西省“双千”计划人才9名，江西省政府特殊津贴3人，“赣鄱英才555工程”领军人才培养计划刚性人才1人，江西省高校教学名师2人，江西省高校中青年骨干教师5人，江西省主要学科和学术带头人培养对象4人，江西省高校中青年学科带头人7人，江西省青年井冈学者5人，中科院华南植物园博士研究生导师5人。柔性引进国家杰出青年基金人才2人，国家优秀青年基金人才2人。研发基地设施面积达15300 平方米，脐橙示范园基地达3057 亩，仪器设备达2000余台（套），价值近6000万元。

2013年组建以来，中心共立项课题300余项，其中国家级项目48项，省部级155项，市厅级54项，横向课题39项，科研经费总计8000余万元。获批发明专利19项，实用新型专利12项，外观设计专利2项；发表论文221篇，其中SCI 81篇，核心和EI 79篇；出版专著7部；自主研发了脐橙精油、果酒、捕食螨、专用有机肥等7项系列产品；获得全国农牧渔业丰收将二等奖一项、江西省科学技术进步一等奖1项、江西省科学技术进步三等奖1项、选育了“赣南早”和“赣脐4号” 2个早熟新品种，均获得农业部颁发的国家植物新品种证书。牵头制订了《脐橙》、《赣南脐橙》等国家标准及地方标准17项；牵头组建了“江西省脐橙科技创新战略联盟”、“江西省脐橙高水平工程研究中心”和“赣南脐橙产业化工程技术协同创新中心”；建立了“博士后科研工作站”和江西省“海智工作站”。此外，建有通过CNAS认证的具有柑橘黄龙病、果实农残、果实品质等检测资质的质检中心1个、以及与赣州市出入境检验检疫局和美国佛罗里达大学分别合作共建了“国家柑橘检测重点实验室”和“中美柑橘黄龙病联合实验室”2个研究平台。平台的建设极大地促进了学校学科发展,学校先后获批设立了园艺学本科专业、农业工程专业硕士学位授权点和园艺学硕士一级授权点,且园艺学本科专业获批江西省“双一流”建设学科。此外，中心积极对接赣南及周边省份脐橙产业需求，累计开展各级各类果业技术培训300余场，培训人员23000余人次；检测柑橘黄龙病样品73000余份。2021年中心“以‘橙’为‘媒’，助力苏区脱贫”项目成功入选教育部第四届省属高校精准帮扶典型项目。

中心将始终坚持“高效、开放、联合、发展”的原则，充分利用现有的科研人才、技术等综合优势及基础条件，使“中心”成为脐橙产业技术的创新中心，转化中心，辐射中心及人才培训基地。